洪承畴。

此后，孙传庭一面清屯练兵，一面围剿农民军，洪承畴负责围剿西面的‘闯将’李自成等，而孙传庭则负责围剿东面的‘混天星’郭汝磐、‘过天星’张天琳等。孙传庭先后于合水、澄城、庆阳等地连败六队、过天星、混天星、大天王等，而后三部义军在屡败后，都陆续归降。洪承畴也在与李自成的战争中连续获胜，李自成本想东出与过天星等部会合，然而他们都投降孙传庭，他顿时势孤失援，洪承畴趁机在潼关南原将其主力歼灭殆尽，李自成仅率十八骑突围。加上此时张献忠、罗汝才也投降了明廷，农民军一时归于沉寂。此时清军第五次入塞，洪承畴、孙传庭奉命赴京勤王，不仅给了李自成以喘息之机，也改变了孙传庭的命运。

多尔衮、岳托率清兵分路从墙子岭、青山关入塞侵扰，京师戒严。崇祯帝先命丁父忧的卢象升夺情起复，总督各路兵马抗清，又命洪承畴、孙传庭赴京勤王。洪、孙率五万秦军离开陕西，经山西入京，行军过程中上疏主张对于清军不可轻战、严加防守、伺机反击。

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当孙传庭行过徐沟时，因清军南下真定、保定，兵部便急令孙传庭赴援，孙传庭随即勒兵改走井陉，至十九日晚抵达，立刻攻击围城清军，迫其退去。次日，清兵又围城南，孙传庭即选精骑出击，追杀十余里而还，至二十一日，清军退去，孙传庭又在晚间命士卒举火袭扰，令清军大惊。二十四日，因卢象升己率兵在二十二日赶到真定，孙传庭即继续北上，两日后到达保定，忽然又接到兵部咨文，让他就在真定暂驻御敌。

孙传庭以为卢象升既己至，自己大可不必再往，遂移文兵部请旨。兵部发来明旨，命孙传庭以兵部添设左侍郎衔会同卢象升、高起潜协剿，他便在初五日从保定南下，次日即抵定州，因见手下兵多怯懦以致清军猖狂无忌，孙传庭深感痛心，遂上一密奏，直言不可浪战。几天后，卢象升战死巨鹿，崇祯帝命孙传庭以兵部左侍郎兼都察院右佥都御史接替卢象升，总督各镇援兵，并赐以尚方宝剑。但因为前此卢象升、高起潜相继兵败，孙传庭此时虽名为总督，实已无兵可督。

崇祯帝又任命孙传庭为保定总督，负责保定、山东、河南军务。当时，清军占领济南，明军却按兵不动，坐视山东被铁蹄蹂躏，充当督察的内阁首辅刘宇亮和孙传庭互相指责，刘宇亮称他促孙传庭出兵而不出，孙传庭则强调是刘宇亮不敢出兵，并阻止他进兵。另一方面，孙传庭上疏指责关宁总监高起潜麾下的祖宽要对济南失守负责，得罪了高起潜。尽管有刘宇亮、高起潜的掣肘，孙传庭坚持不轻出、严守备、伺机攻的既定御敌方略，在东安、武清、蓟州、冷口关等处邀击清军，取得小胜，直到三月十一日清军出塞。

孙传庭受任保定总督后，多次请求面见崇祯帝，商讨军国大事，但不仅高起潜与他不和，兵部尚书杨嗣昌也怕孙传庭“夺席”，遂屡屡阻挠，孙传庭便在通州待命。孙传庭得感冒竟致耳聋，到五月初九日上疏请辞保定总督，并举荐杨文岳替代。崇祯帝认为他在推诿责任，要求他继续负责练兵，并命兵部派人核实，回报属实后，才将他革职，并派御史杨一儁再去核实。孙传庭移驻易州，等待再次查勘，此时又有保定府学教谕尹三聘举报孙传庭，称孙传庭乱抓百姓。杨一儁再次核实孙传庭病情属实，并将尹三聘的告状称为“泄愤”而不受理。崇祯帝在杨嗣昌、高起潜等的影响下，已失去对孙传庭的信任，得到杨一儁的回报后坚称孙传庭称病“显属欺罔”，并认为杨一儁在包庇他，遂将孙传庭和杨一儁两人一并革职，派锦衣卫将孙传庭逮捕入狱。

孙传庭被捕入狱三年期间，李自成、张献忠重新起兵，熊文灿、杨嗣昌镇压不力，致其坐大，明朝国势江河日下，岌岌可危。面对每况愈下的局面，崇祯帝