调八旗军，在黄河沿岸对峙幕府军。

二月，高杰死讯传遍各地，黄得功带领军队抵达扬州城下，威胁当地高营家眷。扬州城幕府军开始防守。初九，史可法得知消息，集结幕府军大队，班师前往扬州，并吩咐徐州李成栋等队伍继续防御黄河。幕府军黄日芳队伍则作为黄河守军，驻守宿迁、邳州一带，随时支援前线。

当时有山东人阎尔梅抵达史可法军前，请求幕府军放弃扬州，转入山东、河北、河南的三省交界处，在这一带流动游走。但史可法拒绝了这个请求，因为幕府军士兵大多源自扬州，家庭财产大多在扬州。史可法表示，如果阎尔梅能在北方召集义军，可以在黄河一带与幕府军汇合。

十五日，史可法抵达大运河邵伯镇，减免了高杰曾经设立的关税，扬州商民都很高兴并赞美史可法。并传令扬州府同知曲从直、幕府中军马应魁，直入黄得功营地质问。黄得功想要分配得到更多的地盘，他要求得到兴化、泰州、通州，包括地盘和盐务权力，但是高营将领并不答应，双方各自准备大战。幕府军支持高营军队。一直到皇帝出面，发出圣旨，由大太监卢九德手持圣旨直达军营，表态皇帝谴责黄得功，于是黄得功才撤走。

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三月间，高杰死后，麾下军队分裂成数个派系，其中亲丁队伍大约有三千多士兵，此时都拥护邢氏和世子。高杰妻邢氏担心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。民间舆论认为是高杰身死，其妻子软弱无力，无法统辖各派系，才导致这次兵变。邢氏希望将儿子过继给史可法作为义子，互相结盟。

幕府内部讨论，担心大太监高起潜的态度。因为高起潜属于江北提督，皇帝亲信，专门监视扬州幕府，影响举足轻重。有幕僚建议，可以让邢氏母子拜高起潜为义父。邢氏设宴，母子拜高起潜为义父，而高起潜同意了。高起潜设宴邀请史可法，又表示让邢氏母子拜史可法为义父，这时史可法勉强同意。

邢氏母子和三千多士兵，都表示愿意跟随史可法。南京朝廷得知此事，于是发出新任命，以原翰林院编修卫胤文总督淮扬军事，专门管辖高家军队。而高家将士对此不满，卫胤文抵达扬州就任督抚，高家军没人迎接他。此时的扬州，竟然有三个督府，分别是卫胤文、高起潜、史可法。幕府内部讨论，认为南京朝廷在分权，这是忌惮且不信任史可法。无奈之下，史可法只好离开扬州，转而驻扎泗州。

此时，清朝豫亲王多铎率领大军从陕西省出发，过虎牢关，进入河南省，占领洛阳府、开封府、归德府。并在境内招降纳叛，扩充兵力，整顿队伍，储备物资。徐州一带的高营军李本深等队伍崩溃逃跑。清朝又抽调八旗军，合计派遣八名参将队伍前往济宁一带驻守。从此南下进攻邳州、宿迁。当地的幕府军防守严密，并传信至史可法。黄河报警，史可法发奏疏请求弘光皇帝亲自下圣旨，调集江北四镇联合，进入黄河战场防御，并多发钱粮犒赏，但是不了了之。

四月初一，史可法传令参将刘恒祚、游击孙桓、都司钱鼎新、于光等船队集结出发先与黄河守军的队长黄日芳在淮安城清江浦会合，然后渡过洪泽湖，向泗州进发。

初二，幕府考核提拔礼贤馆的诸生。应廷吉进行选拔试验，嘉禾归昭、昆山孙元凯等人被授予甲等或乙等官职，还有唐大章、唐妍、张大武、陆燧等人被任命为通判、推官、知县等官职。大约二十多人被提拔，之后有十九人在扬州与史可法殉国。这天，弘光帝发诏书给史可法，要求幕府军调集兵力到长江上游，抵御左良玉。

同年四月，左良玉率数十万兵力，由武汉举兵东下，要清君侧，“除马阮”。当时，史可法移军驻泗州，保护明朝祖陵。

初五，清朝豫亲王多