，史可法致《复多尔衮书》拒绝投降。四月十七日，清军进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法“檄各镇援兵，无一至者”。

十七日当天，清朝豫亲王多铎率领大军抵达扬州城外二十里。派先锋队伍宗室韩岱、梅勒章京伊尔德、护军统领阿济格尼堪等先抵达扬州城以北扎营，沿途收集舟船一百余。派右翼队伍署护军统领顾纳代、伊尔都齐等先抵达扬州城以南扎营，沿途收集舟船二百余。

郊外的居民害怕战乱，互相扶携要入城。无法入城者，则跪地哭号，哀声震撼大地。史可法下令开放城门，让平民入城，并组织义勇守城，队长为戴之蕃、张有德。又组织医生救助，队长为医士陈天拔。

十九日，史可法传令何刚、刘肇基队伍入驻扬州城内。刘肇基刚到，建议若清军尚未集结，可以背城一战突击清军。但此时清军大队已经抵达城外，史可法回应不可轻率出击，保持守军士气，坚守等待机会。史可法传信至南京，朝廷中央军有操江军、京营，合计水陆队伍十八万士兵，都在江边观望扬州胜败。

此时，事态危险，命运飘摇。史可法召唤史得威，二人相持哭泣。史可法劝说史得威：“我为明朝死去，你应该活着帮助我家人。我母亲年事已高，而我没有子女，你要为我继承家业照顾母亲。我不负明朝，你也不要负我！”史得威接受遗令。

史可法随后写下几封遗书，分别给弘光皇帝、清朝豫王多铎、太夫人、夫人、伯叔父以及兄若弟。函封完成后，都交给了史得威，又嘱托说：“我死后，请你将我葬在太祖高皇帝附近，如果不行，那就在梅花岭。”

四月十九日，高杰部提督李本深率领总兵杨承祖等向清豫亲王多铎投降，广昌伯刘良佐也率部投降。史可法于扬州西门楼写下四道遗书给他的家人，在他死后，希望夫人和他一起以身殉国，愿归葬钟山明太祖孝陵之侧。

二十日，清军暂时驻扎在斑竹园，砍伐树木，打造云梯，等待红衣大炮。扬州城有一名勇士，名为押住，单骑劫营偷袭清军，勇士夺得一匹马和斩获一级头颅，成功返回扬州城。史可法赏赐勇士一袭蟒纱和一百两白银，勇士为投靠明朝的夷丁。

二十一日，总兵张天禄、张天福带领部下兵马投降，随即奉多铎之命参加攻取扬州。甘肃镇李栖凤、高岐凤队伍四千人至扬州协防。幕府军的梁以樟、应廷吉、张鑻、施凤仪和礼贤馆诸生队伍，俱入扬州城守卫。

二十二日，多铎驻扎城外，传令归降清朝的曾经明朝官兵，到扬州城外，派使者对史可法说：“公忠诚闻于华夏，却没得到朝廷的信任，那么死去又有何益呢？”守军射箭驱逐使者。随后，又有数名使者招降，史可法派兵逮捕使者，投入护城河淹死。

甘肃镇总兵李栖凤和监军道高歧凤带领部下兵马四千入城，两人的意思却是劫持史可法，以扬州城投降清朝。史可法毅然说道：“这是我殉国的地方，你们打算做什么？如果想要富贵，请你们自便。”李栖凤、高歧凤见无机可乘，于四月二十二日率领所部并勾结城内四川将领胡尚友、韩尚良一道出门降清。

二十三日，当时扬州城外东侧，大运河畔邵伯镇，储存有饷银二十万，兵器火药十万，诸多粮米。史可法传令，应廷吉负责管理这些粮饷，陆续转运至扬州城内，补给守军。

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二十四日，清军的红衣大炮运输队抵达扬州城外。清军试射红衣大炮，弹丸击中扬州城官府，从早晨一直到夜晚，扬州城墙损毁严重，堞堕无法修复，守军以大袋沉泥填补。清军攻城不利，且每日消耗物资巨大，于是多铎举行军议，商讨是否继续围攻。

二十五日，早晨，八旗军大队集结。黄旗总兵宗室拜尹图、公爵图赖。蓝旗总兵阿山