、费扬古、富喇克塔、杜尔德。白旗总兵宗室韩岱，兼任兵部尚书。正白旗总兵阿济格尼堪、伊尔都齐、吴喇禅、马喇希。合计总兵十一名，包括皇室宗亲二位，兵部尚书一位。估计八旗军有数万。

扬州守军内，有幕府军四名大将，刘肇基总兵，何刚总兵。中军马应魁，标营史德威。其余普通副将大约二十名。一名大将统辖士兵大约二三千，合计幕府士兵估计一万。再加上义勇民兵，守军估计大约二万。

豫亲王多铎传令全军出击，强攻扬州城。先以红衣大炮集中轰击城墙西北侧，炸至崩塌，而塌陷形成缓坡。八旗军使用云梯冲锋，攀登缓坡缺口，与幕府军肉搏战斗。史可法登上城墙督战，且祭拜上天鼓舞士气，幕府军用大炮反击。八旗军死伤上千。双方火炮轰炸，崩声如雷，城墙上下惨死无数，双方尸体堆积如山，而八旗军士兵双脚踩踏尸体继续冲锋，攻占了城墙。

扬州城陷入巷战。史可法眼见破城，持刀要自杀。参将许谨阻止了史可法，而血溅许谨衣服。史可法没死去，便命令史得威亲自杀他，但史得威拒绝了。许谨和史得威等亲兵一起，簇拥着史可法下城，一路巷战突围到了小东门。此时副将庄子固、参将张友福、许谨，和龚士杰的二十七名骑兵，都已经身上被箭矢射中战死，只剩下史得威随从。很快又遭遇了一批八旗兵。

史可法大呼曰：“我史督师也！”被擒住后，史可法拒绝投降而被杀。这队八旗兵很惊喜，扣押史可法到城上钟鼓楼，见豫王多铎。多铎再三劝说，但史可法坚决求死。于是多铎说：“既然你是忠臣，就要杀你以全你的名节。”史可法说：“城已经失守，我死无悔恨，但清军已经攻陷扬州城，请宽待民众。因守城而死者，只有我死就足够了，勿杀扬州人。”多铎没答应，只是下令斩杀史可法。而八旗军愤恨史可法的抵抗，于是肢解分裂了史可法的尸体，死无全尸。

幕府士兵义勇在大街小巷继续抵抗。清军多铎，传令屠城扬州。当天，幕府有一些队伍撤退到邵伯镇。应廷吉则带队撤退到赤岸湖埜人湾，继续等待各队伍汇合。

二十六日，忠贯营许大成，带队撤退到邵伯湖北端的三沟闸，掘开河堤，淹没道路，阻挡清军。许大成带队坐船到东边沿海的富安场。

二十九日，扬州城彻底沦陷，前后五天巷战死者众多。还幸存的幕府队伍陆续撤到郊野，聚集在邵伯湖。清兵此时开始攻击邵伯湖。幕府军最终各自离开了。李成栋队伍驻扎在高邮城，已经归顺清朝，但没攻击幕府军，而是让幕府军各自离开。

都抚卫允文沉水自杀。忠贯营何刚、吴尔埙，投井自尽。知府任民育，在官府自杀，全家投井自尽。兵部右侍郎张伯鲸，战死。同知曲从直及其儿子，战死在东门。督修重城同知王缵爵、运使扬振兴，被杀。知县周志畏、罗伏龙，以及他们家人都被杀。两淮运使杨振熙，监饷知县吴道正，县丞王志端，训导李自明，都战死。南门施诚庵，在钞关门中箭死。礼贤馆的幕客，有十九名死于扬州。卢渭，死于钞关河。归昭，死于西门。顾起龙、龚之厚、陆晓、唐经世和另外十三人。

都督刘肇基，分守北门，先在城上发射火炮，又率亲兵四百人巷战，全军战死。副将乙邦才，自杀。副将马应魁，披白甲，书“尽忠报国”四字于背，巷战死。副将庄子固，先率七百士兵入扬州城防守，又与参将许谨一起巷战，中箭死。又有副将楼挺、江云龙、李豫、王思诚、参将陶国祚、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁。游击李大忠、孙开忠。都司姚怀龙、解学曾。十三人，俱巷战死。

高家军，都司程秀夫。

扬州的士民死者众多，其中包括儒生高孝缵，在学宫遗诗后自杀；王士琇设庄烈帝位，哭泣祭拜，与弟自缢死；王缵、王绩、王续昆季三人，沉水死。武生戴之蕃